南京水利科学研究院通航建筑物研究始于1938年的四川綦江渠化工程船闸水力学模型试验，是我国最早开展该领域研究的科研单位，也是南科院特色专业之一。南京水利科学研究院于上世纪50年代成立了我国第一个通航建筑物研究专业组，90年代末建立了院级通航建筑物重点实验室。现任学术委员会主任为张瑞凯教授级高工,
实验室主任为胡亚安教授级高工。
实验室根据国内外通航建筑物研究的发展趋势，围绕国家目标与发展战略，面向内河航运建设需求，立足于科学发展前沿，结合自身科研特色和优势，设置了船闸水力学模拟技术及升船机仿真模拟技术、升船机关键技术和船闸水力学与结构技术三个研究方向。在船闸水力学模拟技术及升船机仿真模拟技术研究方面，主要进行船闸水力学模拟技术、高水头船闸阀门非恒定流空化机理、升船机仿真模拟技术、通航建筑物运行安全保障理论体系等研究；在升船机关键技术研究方面，着重进行升船机水动力学研究、升船机塔柱结构型式研究、升船机运行控制与安全保障技术研究、升船机原型调试技术研究；在船闸水力学与结构技术研究方面，主要进行船闸输水系统水力学研究、高水头船闸阀门空化及流激振动研究、省水船闸研究、大型闸、阀门启闭体系研究、船闸结构型式研究等。
实验室多年来承担了三峡、葛洲坝、水口、五强溪、沙溪口、岩滩、大化、乐滩、桥巩、东西关、万安、草街、桂平、贵港、长洲、苏北大运河等数十座通航建筑物的研究课题，完成了国内几乎所有大型船闸的水力学模型试验及升船机试验研究工作。主持了包括三峡工程在内的八项“七五”及“八五”国家科技攻关专题的研究以及国家自然科学基金重大项目“通航建筑物应用基础研究”课题的研究工作。还进行了三峡、葛洲坝、水口、大化等20余座通航建筑物的原型观测工作。主持了《船闸输水系统设计规范》、《通航建筑物水力学模拟技术规程》、《船闸调试技术规程》、《通航建筑物维护技术规范》、《航道和船闸水力模型试验规程》、《三峡船闸设施安全检测技术规程》、《闸门水力模型试验规程》等多部行业规范、规程编写工作。2004~2008年承担各类项目139项，总经费6650万元，年人均经费60万元。
实验室是我国首批博士、硕士授予权单位，建设有博士后流动站。实验室十分重视并广泛开展国内外学术交流与合作，多次承办国内和国际学术会议，与国外有关单位建立了紧密联系，努力提高我国通航建筑物的基础和应用研究水平。同时，实验室还培养了一支素质较高、实践经验丰富的科技队伍。现有博士生导师5名、硕士生导师15人，已累计培养博士、硕士40余人。目前在读博士、硕士近20人。实验室现有研究人员22名，其中固定人员18名，流动人员4名。其中教授级高工14人，高工6人，工程师2人；具有博士学位8人，硕士学位8人。实验室建有三个方向的人才梯队，6名学科带头人；其中享受国务院特殊津贴5名，国家百千万人才工程人选1名，国家及省部级有突出贡献的中青年科技专家3名，交通部科技英才1名，水利部5151人才工程部级人选1名，江苏省“333高层次人才培养工程”各层次人选4名。
实验室改革开放以来提出研究报告和发表论文800余篇，先后获得全国科学大会奖1次，国家科技进步特等奖1次，二等奖4次，三等奖2次，省部级科技进步特等、一、二等奖40多次。
实验室在试验厅室建设、设备投入方面，南京水科院给予通航建筑物重点实验室大力支持。目前，实验室具有通航建筑物专业试验厅室4座（4800m2），并可在4座通用试验厅室（9000m2）开展通航建筑物基础理论及相关技术研究。实验室仪器设备总值达3000多万元，拥有先进的通航建筑物水动力学数据采集系统、升船机试验平台及测控系统、非恒定流及恒定流减压设备及其测控系统、空化噪声高速瞬态波形采集系统、振动测试系统、静态应变测试系统、二、三维ldv激光流速仪、二、三维piv测速系统、高速摄影系统等40多套大型仪器设备，配有各种非恒定水流的水位、流速、流量、水压力、噪声、掺气浓度等测量装置，研制了操纵性相似的遥控自航船模及其测量系统。
中国水力发电工程学会通航专业委员会挂靠在本实验室。
