“南京水利科学研究院水文水资源研究所”的前身是成立于1977年的水利部南京水文研究所，2001年6月因深化科研机构管理体制改革需要，经水利部研究决定，成建制并入南京水利科学研究院。
作为专门从事水文水资源领域科研工作的国家级科研机构，紧密围绕国家经济社会发展中的水问题开展研究，在水文基础理论、防洪抗旱减灾、洪水资源利用、水资源调查评价、水资源系统分析与规划、生态需水和水环境评价等方面，承担了包括国家杰出青年基金、国家自然科学基金、国家科技攻关（国家科技支撑计划）、973、863、国际科技合作、科技部和水利部重点课题，以及流域和区域性的水文水资源课题共500多项。是水利部颁发的首批水文水资源调查评价和建设项目水资源论证甲级资质单位。
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